باید توجه ویژه ای به تغذیه مقادیر پروتئین برای گاوهای دوره انتقال بشود. هم مقدار و هم کیفیت پروتئین هر دو اهیمت دارند.

به طور گسترده ای مشخص شده است که تغذیه پروتئین در طول دوره خشکی و تازه زا، عملکرد شیردهی و سلامت را تحت تاثیر قرار می دهد. کیفیت منابع پروتئین خام و قابلیت دسترسی کربوهیدرات های قابل تخمیر در جیره برای رشد میکروبی در شکمبه، نیازهای پروتئین جیره را تحت تاثیر قرار می دهند. عرضه پروتئین قابل متابولیسم فراهم شده از پروتئین غیر قابل تجزیه در شکمبه (RUP) و پروتئین میکروبی می تواند بوسیله مدل های جیره نویسی از قبیل CNCPS تخمین زده شود.

پیشنهادات پروتئین برای گاوهای خشک بالغ معمولا بین 12 تا 15 درصد پروتئین خام یا تقریبا 1000 تا 1300 گرم پروتئین قابل متابولیسم در روز است. زمانی که راهبرد مدیریتی دو گروه گاو خشک استفاده می شود گاوهای Far-off معمولا با پروتئین کم تر از گاوهای Close-up تغذیه می شوند. مشاهدات مزرعه ایی پیشنهاد می کنند که فراهم کردن پروتئین قابل متابولیسم (MP) بیشتر در طول دوره خشکی سودمند است. این امر احتمالا به خاطر موارد زیر است:MP  مورد نیاز کمتر از حد تخمین زده شده در مدل های جیره نویسی، فراهم کردن اسید آمینه محدود کننده، فراهم کردن اسید آمینه برای عملکرد سیستم ایمنی تحت شرایط جایگاه با استر س بالاتر، یا محاسبه واریانس مصرف خوراک در بهاربند گاوها. غلظت 88 تا 100 گرم MP به ازای هر کیلو ماده خشک مصرفی اخیرا بوسیله ون سان و اسنیفن در سمینار گاو شیری کانادا پیشنهاد شد تا اطمینان بدهد که نسبت بیشتری از گاوهای پابه زا که گروهی تغذیه می شوند، مقدار MP کافی (بیشتر یا مساوی 1100 گرم در روز) دریافت می کنند. جیره های گاو خشک که از لحاظ کربوهیدرات های قابل تخمیر بویژه نشاسته پایین هستند، مانند انرژی کنترل شده، جیره حاوی علوفه بالا، ممکن است نیاز باشند تا با اجزای خوراک  RUP برای تامین کردن مقدار مناسب MP با پروفایل اسید آمینه مناسب تکمیل شوند.

گاوهای تازه زا باید جیره های فرموله شده برای تامین کردن مقادیر کافی کربوهیدرات های قابل تخمیر و پروتئین قابل تجزیه در شکمبه تغذیه شوند تا رشد میکروبی به عنوان یک منبع پروتئینی را افزایش دهند. بعلاوه، جیره باید منابع RUP با کیفیت بالا را فراهم کند و شامل اسید آمینه محافظت شده از شکمبه در حد نیاز باشد تا پروفایل اسید آمینه را بهبود دهد. حتی با بهترین جیره فرموله شده، گاوهای تازه زا هنوز بالانس منفی MP را برای 1 تا 2 ماه بعد از زایمان تجربه خواهند نمود. در پاسخ به بالانس منفی MP، گاوهای تازه زا ماهیچه و دیگر منابع پروتئین در بدن  را برای حمایت از شیردهی به عنوان سهم اسید آمینه و انرژی موبیلیزه خواهند کرد. کلید کنترل شدت و مدت بالانس منفی MP، حمایت از افزایش سریع ماده خشک مصرفی در طول دوره تازه زا است.

در کل، بالانس اسید آمینه و وارد کردن اسید آمینه محافظت شدهدرهنگام نیاز، برای گاوهای دوره انتقال توجیه پذیر است. لیزین و متیونین معمولا اسیدهای آمینه محدود کننده داخل MP در طول شیردهی هستند و همچنین فرض می شود که در طول دوره انتقال محدود کننده باشند. تعداد کمی مطالعه وجود دارند که خورانیدن متیونین و لیزین محافظت شده را یا هر دو را در طول دوره انتقال ارزیابی نموده اند، که پیشنهاد می دهند که متوازن کردن اسید آمینه قبل از زایمان و  به دنبال آن شیردهی می تواند تولید شیر، ترکیبات شیر، یا هر دو را افزایش دهد اگر چه پاسخ ها همیشه در بین مطالعات ثابت نبودند. به نظر می رسد که پاسخ ها وابسته به پروتئین خام جیره، عرضه MP، و قابلیت هضم روده ایی مکمل های RUP هستند. پیشنهاد می شود که تقریبا 75 گرم لیزین در روز و 25 گرم متیونین پاسخ پروتئین شیر را حداکثر سازد. هرچند، کاربردهای بسیاری برای اسید آمینه ارائه شد، اما واضح نیست که آیا پیشنهادات اخیر برای لیزین و متیونین عملکرد ایمنی را بهبود می دهند، هر چند نشان داده شده است که استفاده از متیونین محافظت شده عملکرد سیستم ایمنی را بهبود می دهد.